质子存在于原子的原子核中，原子核中的质子数被称为原子序数。虽然原子的性质是由电子、中子和质子数共同决定的，但质子数是较重要的变量。每一种元素中包含不同数量的质子，这是区分不同元素的较主要特征。质子几乎无处不在，基本上只有在中子星和粒子加速器中才能找到没有质子的物质。

　　虽然质子是一种亚原子粒子，但它并不是较基本的粒子。这种亚原子粒子由三个夸克组成，所以它们被归类为重子。由于夸克的电荷属性，使得质子携带一个正电荷。另一方面，原子核外的电子带负电荷，原子中的质子数量与电子相同，所以原子呈电中性。但如果原子失去或者获得电子，它就不再是电中性，而会变成带电的粒子，也被称为离子。

　　科学家一般认为，发现质子的是的实验物理学家欧内斯特·卢瑟福。在1918年，卢瑟福通过α粒子(没有电子的氦原子核)轰击氮气，结果发现了氢原子核的特征，他意识到这些氢原子核只可能来自于氮气。于是，卢瑟福认为，氢原子的原子核是一个基本粒子，即质子(早前的物理学家并不知道质子不是基本粒子)，而质子可以在原子的原子核中找到。

　　在1955年，物理学家发现了质子的反粒子——反质子。与带正电荷的质子相反，反质子带负电荷。如果质子和反质子相互碰撞，则会发生湮灭，物质全部被转化为能量，以伽马射线的形式被释放出来。

　　由于质子在原子核外相当稳定，所以它们在粒子实验中十分有用。粒子物理学家可以把质子加速到接近光速，并使它们之间或者与其他粒子相互碰撞，由此发现了诸多的新粒子。